مجموعه قارچ هاي زنده وزارت جهاد كشاورزي در بر دارنده جدايه‌هاي ارزشمند به ويژه جدايه‌هاي بومي از قارچ‌هاي مهم درگياهپزشكي شامل قارج‌هاي بيمارگر روي گياهان و قارچ‌هاي توكسين‌زا، قارچ‌هاي بيمارگر حشرات و ديگر بند‌پايان و همچنين قارچ‌هاي بيمارگر نماتد‌ها مي‌باشد. فعاليت اين مجموعه از اواخر سال 1347 با انتقال تعداد زيادي جدايه قارچ‌هاي مختلف از آلمان و با هدف نگهداري آن دسته از قارچ‌هايي كه به دلايلي نمي‌توان آن‌ها را به صورت خشك شده حفظ نمود، شروع گرديد. براي ممانعت از خراب شدن قارچ‌هاي اين قسمت‌، جدايه‌ها در شرايط خاص در اطاق با دماي پايين (cool temperature room) نگهداري مي‌شوند و هر چند يكبار تجديد كشت مي‌گردند. قارچ‌هاي موجود در اين قسمت برحسب نوع آن‌ها به صورت انجماد خشك، زير پارافين مايع، درون خاك، درون آب و روي محيط‌هاي كشت متنوع حاوي آگار نگهداري مي‌گردند. در حال حاضر اين مجموعه با 1033 جدايه قارچ‌هاي مهم از ديدگاه كشاورزي كه غالبا جدايه‌هاي بومي كشور هستند، مهمترين كلكسيون از اين دست در كشور محسوب مي‌شود. جدايه‌هاي نگهداري شده در اين مجموعه به 131 جنس و 389 گونه تعلق دارند. با توجه به تبادلات علمي انجام شده با ساير مراكز معتبر قارچ شناسي در جهان، جدايه‌هاي خارجي (294 جدايه) از ساير نقاط دنيا كه غالبا نمونه‌هاي معتبر و جدايه‌هاي ex-type هستند نيز در اين مجموعه نگهداري مي‌شوند. مجموعه نگهداري قارچ ها ي زنده وزارت جهاد كشاورزي در واقع كتابخانه‌اي زنده از ميراث علمي و طبيعي كشور است كه قارچ شناسي را به ساير ديسيپلين‌ها از جمله بيولوژي مولكولي، كنترل بيولوژيك و بيماري‌شناسي گياهي مرتبط ساخته است. بعلاوه كشت قارچ‌ها در گونه هاي قابل كشت بخشي از خصوصيت قارچ مي باشد كه در تشخيص نقش اساسي دارد. اين مجموعه در كنار مجموعه قارچ هاي مرجع وزارت جهاد كشاورزي نقاط كانوني در تحقيقات قارچ شناسي كشور محسوب مي‌شوند. اين مجموعه‌ها ضمن آنكه در جهت مستند سازي تغييرات محيطي، مطالعات بيولوژي جمعيت، ژنتيك جمعيت و اپيدميولوژي، تاكسونومي و فيلوژني مولكولي قارچ‌هاي ايران كاربرد دارند، مكاني براي نگهداري گونه هاي در معرض انقراض يا منقرض شده، همچنين جدايه هايي از قارچ‌هاي بيمارگر گياهان و جدايه‌هاي مورد استفاده در كنترل بيولوژيك عوامل زيان رسان به گياهان شامل، حشرات، نماتد‌ها، علف‌هاي هرز و ساير قارچ‌هاي بيمارگر روي گياهان هستند. مجموعه قارچ هاي زنده وزارت جهاد كشاورزي به عنوان يك مرجع و منبع مهم نياز محققان قارچ شناس، بيماريشناسي گياهي، ژنتيك، بيولوژي مولكولي و محققاني كه در زمينه كنترل بيولوژيك آفات و بيماريهاي گياهي و علف هاي هرز فعاليت دارند را تامين مي نمايد. وجود چنين مجموعه اي در كشور محققان ديسيپلين هاي مختلف را در غالب موارد از تماس با مجموعه‌هاي مشابه در خارج از كشور جهت دريافت ايزوله هاي قارچ‌هاي مختلف بي نياز ساخته است. اخيرا مجموعه قارچ‌هاي زنده به عنوان بزرگترين و معتبرترين مجموعه از اين دست در ايران در فدارسيون جهاني كلكسيون‌هاي نگهداري جدايه‌هاي ميكروارگانيسم‌ها WFCC با شماره 939 ثبت گرديده است. مسئوليت اين قسمت از بدو تاسيس (1347) تا 1368 با دكتر جعفر ارشاد، از 1368 تا 1374 با دكتر جمشيد فاتحي و از سال 1374 تاكنون با دكتر رسول زارع است.