اين قسمت در سالني به نام دكتر اسفنديار اسفندياري گياه‌شناس و قارچ‌شناس ايراني و باني اين هرباريوم جاي دارند. اين قسمت بيشترين حجم هرباريوم را به خود اختصاص داده است. در اين قسمت گياهان يك تيره در كنار هم و برحسب حروف الفباء تنظيم و مستقر گرديده‌اند. گرچه فعاليت قسمت گياهان گلدار با شروع جمع‌آوري اين نوع رستني‌ها در سال 1327 توسط دكتر اسفنديار اسفندياري به همراه پروفسور كارل هاينس رشينگر (گياه‌شناس مشهور اتريشي) و پاول آلن (گياه‌شناس سويسي) آغاز گرديده ولي در اين قسمت نمونه‌هاي معدودي ديگر مربوط به قبل از 1327 هم وجود دارد كه قديميترين آن يك نمونه از گياهNepeta bornmuelleri مي‌باشد كه Joseph Bornmüller دانشمند گياه‌شناس آلماني آنرا از كوه هزار واقع در كرمان جمع‌آوري نموده است. ابتدا نمونه‌هايي كه اسفندياري و همراهانش در استان‌هاي كرمان، بلوچستان، خراسان و قسمتي از شمال ايران جمع‌آوري كرده بودند در اين هرباريوم قرار گرفت و پس از آن در بيش از 60 سال گذشته دايم به غناي آن افزوده شده است. مجموعه گياهان گلدار همچون كتابخانه‌اي مستند اطلاعات مربوط به گياهان كشور اعم از گونه‌هاي بومي و كاشته شده‌ شامل درختان، درختچه‌ها، گياهان علفي، گياهان پيازي و گياهان آبزي را كه حاصل بيش از 60 سال اجراي طرح‌هاي تحقيقاتي است در خود جاي داده است. اين مجموعه قديميترين هرباريوم در سيستم وزارت جهاد كشاورزي است و با توجه به تاسيس و فعاليت آن در موسسه تحقيقات گياهپزشكي فراتر از يك هرباريوم عمومي بوده و مجموعه‌اي براي تحقيقات گياهپزشكي و غالبا در بردارنده ميزبانان آفات و عوامل بيماريزاي گياهان به ويژه قارچ‌ها مي‌باشد. به ديگر سخن اين مجموعه با دارا بودن بيش از 200000 نمونه به عنوان ابزاري در خدمت تحقيقات رده‌بندي گياهان مرتبط با گياهپزشكي است و در مطالعات بوم‌شناختي روي آفات و بيماري‌ها همچون بررسي دامنه ميزباني آفات و عوامل بيماري‌‌زا، تحقيقات كنترل بيولوژيك آفات و بيماري‌هاي گياهي و بررسي‌هاي قرنطينه‌اي كاربرد دارد. به علاوه اين مجموعه مكاني براي نگهداري گونه هاي گياهي در معرض خطر انقراض يا منقرض شده مي باشد. مسئوليت اين هرباريوم از بدو تاسيس (1327) تا سال 1329 با دكتر اسفنديار اسفندياري بود و از سال 1329 مهندس عين‌اله بهبودي مسئوليت آنرا تا سال 1331به عهده گرفت. از 1331 تا 1343 اين قسمت مسئولي نداشت و زير نظر دكتر قوام‌الدين شريف اداره مي‌شد. از 1343 تا 1345 مجددا دكتر اسفنديار اسفندياري مسئول هرباريوم شدند. از سال 1345 تا 1354 مهندس عين اله بهبودي براي دومين بار مسئوليت اداره هرباريوم را پذيرفتند. پس از اين دوره از سال 1354 تا 1358 دكتر موسي ايرانشهر، از سال 1358 تا 1368 دكتر فريدون ترمه، از سال 1368 تا 1380 مهندس محمود موسوي و از سال 1380 تا 1386 مهندس فاطمه آقابيگي عهده‌دار مسئوليت اين هرباريوم بودند. در حال حاضر مسئوليت هرباريوم گياهان گلدار به عهده مهندس محمد اميني‌راد است. مجموعه گياهان گلدار و بازدانگان وزارت جهاد كشاورزي در حال حاضر بيش از دويست هزار نمونه از گياهان ايران را در خود جاي داده است. اين نمونه‌ها به 175 تيره، 1100 جنس و قريب به 5000 گونه تعلق دارند. طبق مطالعات انجام شده تعداد مجموع آرايه‌هاي گياهي گزارش از ايران به 7576 آرايه مي‌رسد. بر اين اساس مجموعه گياهان وزارت جهاد كشاورزي در حدود 66% گياهان گزارش شده از كشور را در خود جاي داده است. از ديگر مجموعه‌هاي ذيقيمت در هرباريوم گياهان، مجموعه نمونه‌هاي تيپ يا پايه از گياهان ايران است. حدود 300 نمونه تيپ از گياهان ايران در اين مجموعه نگهداري مي‌شود.