اين مجموعه كه قديميترين مجموعه هرباريوم است در سالني بنام دكتر قوام‌‌الدين شريف جاي دارد. اين قسمت در واقع يك Plant Pathology Herbarium بوده و فعاليت خود را از سال 1324 شروع كرده است. در اين مجموعه قريب به 15000 نمونه از قارچ‌ها، شبه‌قارچ‌ها و گلسنگ‌ها نگهداري مي‌شوند. مجموعه فوق علاوه بر نمونه‌هاي ايراني (11500 نمونه) حاوي تعداد بسيار زيادي نمونه خارجي (3500نمونه) نيز مي‌باشد كه در پي مبادله نمونه با هرباريوم‌هاي مشابه خارجي كسب گرديده‌اند. نمونه‌هاي اين قسمت برحسب حروف الفباء جنس قارچ‌ها تنظيم گرديده و اكثر آن‌ها مربوط به بعد از سال 1324 مي‌باشند، ولي نمونه‌هايي هم مربوط به قبل از اين سال در آن جاي دارند كه قديميترين نمونه ايراني آن Puccinia hordei روي گياه Bromus madritensis مي‌باشد كه از كازرون گردنه پيرزن در تاريخ 18/1/1275 توسط اروين گائوبا گياه شناس اتريشي جمع‌آوري شده است. قديميترين نمونه خارجي موجود در قسمت قارچ‌ها هم نمونه‌اي از قارچ Selenophoma straussiana روي گياه Dianthus orientalis است كه از آسياي صغير در ژوييه 1853 ميلادي (1232) شمسي توسط Th. Kotchy جمع‌آوري گرديده است. نمونه‌هايي اين مجموعه عمدتا قارچ‌هاي پاتوژن گياهي، گونه‌هاي چوبزي و گلسنگ‌ها را شامل مي‌شوند. مجموعه مرجع قارچ‌هاي وزارت جهاد كشاورزي تنها مجموعه ثبت شده قارچ‌ها در كشور محسوب مي‌شود و ابزار مهمي در مطالعات گياهپزشكي به شمار مي‌رود. اين مجموعه با دارا بودن 2250 گونه از قارچ هاي ايران بيش از 80 درصد قارچ هاي گزارش شده در كشور را در خود جاي داده است. از ديگر ويژگي‌هاي اين مجموعه وجود كلكسيون نمونه‌هاي تيپ يا پايه (type collection) با 280 نمونه پايه (تيپ) است. اين تعداد 122 نمونه به ايران و 158 نمونه به ساير كشور‌هاي جهان تعلق دارند. اين مجموعه به عنوان يك مرجع و منبع مهم، نياز محققان رشته هاي قارچ شناسي، بيماري هاي گياهي، ژنتيك، بيولوژي مولكولي و محققاني كه در زمينه كنترل بيولوژيك آفات و بيماريهاي گياهي و علف هاي هرز فعاليت دارند را نيز تامين مي‌نمايد. به ديگر سخن محققان و دانش‌پژوهان رشته‌هاي گياهشناسي كشاورزي، متخصصان آلرژي، صنايع توليد آنتي‌بيوتيك، بيوشيمي، زوال مواد، زيست‌شناسي، گياهشناسي، صنايع تخميري، صنايع غذايي، جنگلداري، صنايع چوب، باغباني، ميكروبيولوژي، بيماري‌شناسي گياهي، بيماري‌شناسي بذر و علوم خاك به اطلاعات موجود در اين مجموعه نياز خواهند داشت. از طريق اين مجموعه و مجموعه‌هايي از اين دست است كه مي توان قارچ شناسي را به ساير ديسيپلين ها از جمله بيولوژي مولكولي مرتبط ساخت. اين مجموعه به مانند كتابخانه‌اي تاريخچه و ميراث قارچ شناسي كشور را به عنوان بخش مهمي از ميراث علمي و طبيعي كشور در خود جاي داده، و استفاده از آن در تشخيص و مطالعات رده‌بندي قارچ‌ها نقش اساسي دارد. به ديگر سخن اين مجموعه به مانند كتابخانه‌ي مرجعي با اطلاعات غني است كه نمونه‌هاي قارچي آن جاي كتاب‌ها را گرفته‌اند. اين مجموعه با توجه به در بر داشتن نمونه‌هاي قارچي متعدد به عنوان گونه‌هاي بيمارگر روي گياهان، بزرگترين هرباريوم بيماري‌شناسي گياهي (Plant Pathology Herbarium) در منطقه خاور ميانه محسوب مي‌شود و در تحقيقات گياهپزشكي در جهت مستند سازي تغييرات محيطي، مطالعات بيولوژي جمعيت، پراكنش گونه هاي قارچ ها بويژه گونه هاي خسارتزا به گياهان، مطالعات ژنتيك جمعيت، اپيدميولوژي و تاكسونومي و فيلوژني مولكولي قارچ ها حايز اهميت است. به علاوه اين مجموعه مكاني براي نگهداري گونه هاي در معرض خطر انقراض يا منقرض شده مي باشند. مسئوليت اين مجموعه ارزشمند از بدو تاسيس (1324) تا 1329 با دكتر اسفنديار اسفندياري، از 1329 تا 1342 با دكتر قوام‌الدين شريف، از 1342 تا 1368 با دكتر جعفر ارشاد، از 1368 تا 1373 با مهندس بهمن دانش پژوه و از سال 1373 تاكنون با دكتر مهرداد عباسي بوده است.